Incapacidad IMSS: cómo se paga la baja en México por enfermedad, maternidad y riesgo de trabajo

Cuando un trabajador en México recibe la baja con una incapacidad IMSS (un certificado de incapacidad temporal), la empresa normalmente deja de pagarle el salario de esos días y el Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS, el instituto público de seguridad social) le abona en su lugar un subsidio económico. La prestación por baja médica en México depende del tipo de certificado: el 60% del salario de cotización a partir del cuarto día por enfermedad general, el 100% durante 84 días por maternidad y el 100% desde el primer día por accidente de trabajo o enfermedad profesional. Con cada certificado, la nómina tiene que suspender el salario, registrar los días y ajustar qué cotizaciones se deben.

Quién paga durante una incapacidad IMSS

La Ley Federal del Trabajo (LFT, la ley laboral federal) trata la incapacidad temporal por una enfermedad o un accidente no laboral como una suspensión de la obligación de trabajar y de pagar el salario (LFT Art. 42-II). En los accidentes de trabajo y las enfermedades profesionales, la empresa que ha dado de alta a sus trabajadores en el IMSS queda liberada de las responsabilidades por riesgos de trabajo que impone la LFT (Ley del Seguro Social, LSS Art. 53).

La empresa no debe salario por los días del certificado, salvo que el contrato de trabajo, una política interna (una norma voluntaria de la empresa) o un convenio colectivo prevean un complemento. Los complementos habituales pagan los tres días no subsidiados de la enfermedad general, o la diferencia entre el subsidio por enfermedad general (60% del SBC) y el salario completo.

Todos los subsidios se calculan sobre el Salario Base de Cotización (SBC, el salario diario integrado de cotización registrado en el IMSS, que incluye prestaciones como la gratificación de fin de año aguinaldo y la prima vacacional). El SBC tiene un tope de 25 veces la UMA (Unidad de Medida y Actualización, la unidad de referencia para los límites de la seguridad social; LSS Art. 28). Con la UMA de 2026 en MXN$117,31 diarios, vigente desde el 1 de febrero de 2026, el tope es de MXN$2.932,75 diarios.

Enfermedad general: el 60% del SBC desde el día 4

Por una enfermedad o un accidente no relacionados con el trabajo (incapacidad por enfermedad general), el IMSS paga un subsidio a partir del cuarto día, durante un máximo de 52 semanas, prorrogable hasta 26 semanas más tras una revisión médica del IMSS (LSS Art. 96). El subsidio es el 60% del último SBC diario del trabajador y se abona semanalmente, a semana vencida, directamente al trabajador (LSS Art. 98).

Para tener derecho, un trabajador fijo necesita al menos cuatro cotizaciones semanales inmediatamente anteriores a la enfermedad; un trabajador eventual necesita seis cotizaciones semanales en los cuatro meses anteriores (LSS Art. 97).

Maternidad: 84 días al 100%, si la trabajadora tiene 30 semanas cotizadas

La prestación por maternidad en México es el subsidio por maternidad del IMSS (incapacidad por maternidad): el 100% del último SBC diario de la trabajadora durante 42 días antes y 42 días después del parto, 84 días en total (LSS Art. 101). La trabajadora puede pedir que hasta cuatro de las seis semanas prenatales se trasladen a después del parto, con autorización escrita del médico del IMSS o de su médico prenatal externo (LSS Art. 102 Bis); el subsidio sigue cubriendo 84 días. Desde una reforma de 2023, la trabajadora también puede solicitar un único certificado de 84 días expedido al inicio del permiso.

La trabajadora necesita al menos 30 cotizaciones semanales en los 12 meses anteriores al inicio del subsidio (LSS Art. 102-I). Sin esas 30 semanas, el IMSS no paga nada y la empresa le debe el salario completo durante todo el permiso (LSS Art. 103). Además, el artículo 103 solo libera a la empresa "hasta los límites establecidos por esta Ley". Comentaristas contables y fiscales mexicanos interpretan esa redacción en el sentido de que la empresa debe la diferencia entre el salario completo y el subsidio con tope cuando la trabajadora cobra por encima del tope de 25 UMA. Se basan en la Constitución (Art. 123-A-V) y en la LFT Art. 170-V, que garantizan el salario íntegro durante el permiso de maternidad.

Riesgo de trabajo: el 100% desde el día 1

Por un riesgo de trabajo (un accidente de trabajo, un accidente in itinere o una enfermedad profesional), el subsidio del IMSS es el 100% del SBC registrado en la fecha del riesgo. El IMSS paga el subsidio desde el primer día hasta que declara al trabajador apto o califica una incapacidad permanente (LSS Art. 58-I). No se exige un mínimo de semanas cotizadas.

Si una lesión laboral se certifica como enfermedad general, el trabajador pierde el subsidio de los días 1 a 3 y cobra el 60% en lugar del 100% a partir de entonces. Los días mal clasificados también faltan entre los días subsidiados por riesgo de trabajo en la declaración anual de Riesgos de Trabajo de la empresa (la declaración anual que vuelve a fijar el tipo de prima de riesgo de trabajo de la empresa).

Folios de los certificados, consulta en línea y cómo registra la nómina los días

El médico del IMSS expide un certificado de incapacidad temporal para el trabajo, identificado con un folio (un número de referencia único). A través de los servicios en línea del IMSS, las empresas pueden consultar los certificados de cada trabajador y ver el folio, el ramo de seguro, las fechas de inicio y fin y los días autorizados. La empresa que tiene un convenio de pago indirecto y reembolso de subsidios (un acuerdo de reembolso con el IMSS) paga el subsidio a través de su propia nómina y el IMSS se lo reembolsa.

La nómina introduce el folio en el SUA (Sistema Único de Autodeterminación, el programa de cotizaciones del IMSS), que excluye los días del certificado del cálculo de cotizaciones. En el CFDI de nómina (el recibo de salarios electrónico que se presenta ante el SAT, la autoridad tributaria), el apartado Incapacidades recoge el tipo, los días y el importe. Los códigos de tipo siguen el catálogo c_TipoIncapacidad del SAT: 01 riesgo de trabajo, 02 enfermedad general, 03 maternidad y 04 permiso para cuidar a un hijo con cáncer. El apartado es obligatorio siempre que el recibo muestre el código de deducción 006 (descuento por incapacidad) o el código de percepción 014 (subsidios por incapacidad).

El subsidio está exento del impuesto sobre la renta (Ley del ISR Art. 93-VIII). Un complemento de la empresa también puede considerarse previsión social exenta (prestaciones de bienestar para los trabajadores) cuando se concede con carácter general conforme a la ley o al contrato de trabajo, dentro de los límites del artículo 93; en caso contrario, el complemento tributa como salario.

Cotizaciones al IMSS y al INFONAVIT durante una incapacidad

Por los días cubiertos por un certificado del IMSS no se debe ninguna cotización al IMSS, salvo Retiro, la cotización para la jubilación del 2% sobre el SBC a cargo exclusivo de la empresa (LSS Art. 31-IV). Tampoco se debe Cesantía en Edad Avanzada y Vejez (el seguro de vejez y de desempleo en la etapa final de la vida laboral).

El INFONAVIT (el fondo nacional de vivienda de los trabajadores) funciona de otra manera: la cotización de vivienda del 5% a cargo de la empresa se sigue debiendo durante una incapacidad IMSS, una regla del artículo 29 de la Ley del INFONAVIT desde 1997. Una reforma publicada el 21 de febrero de 2025 añadió que los descuentos por préstamo INFONAVIT del trabajador (las cuotas hipotecarias retenidas del salario) ya no se suspenden durante ausencias o incapacidades. El Criterio 01/2025 del INFONAVIT añade que la empresa nunca descuenta más que el salario efectivamente pagado y no debe nada por el importe que no pudo descontar.

La reforma de 2025 está en litigio: en la Contradicción de Criterios 120/2025 (4 de noviembre de 2025; jurisprudencia P./J. 6/2025 (12a.)), la Suprema Corte resolvió que las empresas que la recurren mediante un amparo (un recurso constitucional) pueden obtener una suspensión provisional (una orden temporal que paraliza la obligación de descontar) tras garantizar el importe. La Corte no se pronunció sobre si la reforma es constitucional, de modo que los descuentos del préstamo durante una incapacidad son un punto que hay que confirmar con cada cliente.

Una incapacidad por enfermedad general de 10 días, paso a paso

Tomemos una trabajadora que cobra MXN$500 diarios con un SBC de MXN$525. Recibe un certificado de enfermedad general de 10 días, tipo 02.

• Días 1 a 3: sin subsidio ni salario, MXN$1.500 menos que su retribución normal.
• Días 4 a 10: el IMSS paga 7 días × 60% × MXN$525 = 7 × MXN$315 = MXN$2.205.
• Nómina: la empresa no paga salario por los 10 días (normalmente 10 × MXN$500 = MXN$5.000). Sus ingresos son MXN$2.205 en lugar de MXN$5.000, una diferencia de MXN$2.795.
• Complemento opcional: una política que garantice el salario completo pagaría MXN$2.795 por nómina con el código de percepción 014, y el apartado Incapacidades mostraría el tipo 02 y 10 días.
• Cotizaciones por los 10 días: Retiro al 2% × MXN$525 × 10 = MXN$105, más INFONAVIT al 5% × MXN$525 × 10 = MXN$262,50, ambas a cargo de la empresa.

Resumen

Una incapacidad IMSS suspende la obligación de la empresa de pagar el salario, y el IMSS paga en su lugar un subsidio: el 60% del último SBC diario desde el día 4 por enfermedad general, el 100% durante 84 días por maternidad (con 30 semanas cotizadas como requisito) y el 100% desde el día 1 por riesgo de trabajo. Por los días del certificado solo se deben Retiro y la cotización del 5% al INFONAVIT. La nómina registra cada certificado por su folio en el SUA y por tipo y días en el CFDI.

Un solo certificado cambia a la vez el salario, las cotizaciones y el CFDI, y en una hoja de cálculo manual se puede escapar uno de los tres. Flux está diseñado para aplicar los tres cambios en el mismo proceso de nómina.