Incapacidad IMSS: cómo se paga la incapacidad en México por enfermedad, maternidad y riesgo de trabajo

Cuando un trabajador en México recibe una incapacidad IMSS (un certificado de incapacidad temporal), el patrón normalmente deja de pagar el salario de esos días y el Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS, el instituto público de seguridad social) paga al trabajador un subsidio en dinero. El pago por incapacidad en México depende del tipo de certificado: 60% del salario de cotización a partir del cuarto día por enfermedad general, 100% durante 84 días por maternidad y 100% desde el primer día por un accidente o una enfermedad de trabajo. Con cada certificado, la nómina debe suspender el salario, registrar los días y ajustar qué cuotas se adeudan.

Quién paga durante una incapacidad IMSS

La Ley Federal del Trabajo (LFT) considera la incapacidad temporal derivada de un accidente o enfermedad que no constituya un riesgo de trabajo como una suspensión de la obligación de prestar el servicio y de pagar el salario (LFT Art. 42-II). En el caso de accidentes y enfermedades de trabajo, el patrón que ha inscrito a sus trabajadores en el IMSS queda relevado de las responsabilidades por riesgos de trabajo que establece la LFT (Ley del Seguro Social, LSS Art. 53).

El patrón no debe salario por los días del certificado, salvo que el contrato de trabajo, una política interna (una regla voluntaria de la empresa) o un contrato colectivo de trabajo prometan un complemento. Los complementos más comunes pagan los tres días no subsidiados de enfermedad general, o la diferencia entre el subsidio por enfermedad general (60% del SBC) y el salario completo.

Todo subsidio se calcula sobre el Salario Base de Cotización (SBC, el salario diario integrado registrado ante el IMSS, que incluye prestaciones como el aguinaldo y la prima vacacional). El SBC tiene un tope de 25 veces la UMA (Unidad de Medida y Actualización, la unidad de referencia para los límites de seguridad social; LSS Art. 28). Con la UMA 2026 de MXN$117.31 diarios, vigente desde el 1 de febrero de 2026, el tope es de MXN$2,932.75 diarios.

Enfermedad general: 60% del SBC desde el día 4

Por una enfermedad o un accidente no relacionado con el trabajo (incapacidad por enfermedad general), el IMSS paga un subsidio a partir del cuarto día, hasta por 52 semanas, prorrogable hasta por 26 semanas más tras una valoración médica del IMSS (LSS Art. 96). El subsidio equivale al 60% del último SBC diario del trabajador y se paga por semanas vencidas directamente al trabajador (LSS Art. 98).

Para tener derecho, un trabajador permanente necesita al menos cuatro cotizaciones semanales inmediatamente anteriores a la enfermedad; un trabajador eventual necesita seis cotizaciones semanales en los cuatro meses previos (LSS Art. 97).

Maternidad: 84 días al 100%, si la trabajadora tiene 30 semanas cotizadas

El pago por licencia de maternidad en México es el subsidio por maternidad del IMSS (incapacidad por maternidad): 100% del último SBC diario de la trabajadora durante 42 días antes y 42 días después del parto, 84 días en total (LSS Art. 101). La trabajadora puede solicitar transferir hasta cuatro de las seis semanas prenatales para después del parto, con autorización escrita del médico del IMSS o de su médico prenatal externo (LSS Art. 102 Bis); el subsidio sigue cubriendo 84 días. Desde una reforma de 2023, la trabajadora también puede solicitar un único certificado de 84 días expedido al inicio de la licencia.

La trabajadora necesita al menos 30 cotizaciones semanales en los 12 meses anteriores al inicio del subsidio (LSS Art. 102-I). Sin esas 30 semanas, el IMSS no paga nada y el patrón le debe el salario completo durante toda la licencia (LSS Art. 103). Además, el artículo 103 releva al patrón solo "hasta los límites establecidos por esta Ley". Comentaristas contables y fiscales mexicanos interpretan esa redacción en el sentido de que el patrón debe la diferencia entre el salario completo y el subsidio topado cuando la trabajadora percibe un salario superior al tope de 25 UMA. Su fundamento es la Constitución (Art. 123-A-V) y la LFT Art. 170-V, que garantizan el salario íntegro durante la licencia de maternidad.

Riesgo de trabajo: 100% desde el día 1

Por un riesgo de trabajo (un accidente de trabajo, un accidente en trayecto o una enfermedad de trabajo), el subsidio del IMSS es el 100% del SBC registrado al ocurrir el riesgo. El IMSS paga el subsidio desde el primer día hasta que declara al trabajador apto o dictamina una incapacidad permanente (LSS Art. 58-I). No se exige un mínimo de semanas cotizadas.

Si una lesión de trabajo se certifica como enfermedad general, el trabajador pierde el subsidio de los días 1 a 3 y recibe 60% en lugar de 100% a partir de entonces. Los días mal clasificados tampoco aparecen entre los días subsidiados por riesgo de trabajo en la declaración anual de Riesgos de Trabajo del patrón (la declaración anual que determina de nuevo la prima de riesgo de trabajo del patrón).

Folios de los certificados, consulta en línea y cómo registra la nómina los días

El médico del IMSS expide un certificado de incapacidad temporal para el trabajo, identificado con un folio (un número de referencia único). A través de los servicios en línea del IMSS, los patrones pueden consultar los certificados de cada trabajador y ver el folio, el ramo de seguro, las fechas de inicio y término y los días autorizados. El patrón que tiene un convenio de pago indirecto y reembolso de subsidios (un convenio de reembolso con el IMSS) paga el subsidio a través de su propia nómina y el IMSS se lo reembolsa.

La nómina captura el folio en el SUA (Sistema Único de Autodeterminación, el software de cuotas del IMSS), que excluye los días del certificado del cálculo de cuotas. En el CFDI de nómina (el recibo electrónico que se timbra ante el SAT, la autoridad fiscal), el apartado Incapacidades registra el tipo, los días y el importe. Las claves de tipo siguen el catálogo c_TipoIncapacidad del SAT: 01 riesgo de trabajo, 02 enfermedad general, 03 maternidad y 04 licencia por cuidados médicos de hijos diagnosticados con cáncer. El apartado es obligatorio siempre que el recibo muestre la clave de deducción 006 (descuento por incapacidad) o la clave de percepción 014 (subsidios por incapacidad).

El subsidio está exento del ISR (Ley del ISR Art. 93-VIII). Un complemento del patrón también puede calificar como previsión social exenta cuando se otorga de manera general conforme a la ley o al contrato de trabajo, dentro de los límites del artículo 93; de lo contrario, el complemento se grava como salario.

Cuotas IMSS y aportaciones INFONAVIT durante una incapacidad

Por los días amparados por un certificado del IMSS no se causa ninguna cuota IMSS, salvo Retiro, la cuota exclusivamente patronal del 2% sobre el SBC para el retiro (LSS Art. 31-IV). Tampoco se causa Cesantía en Edad Avanzada y Vejez (el seguro de vejez y de desempleo en edad avanzada).

El INFONAVIT (el fondo nacional de vivienda para los trabajadores) es distinto: la aportación patronal de vivienda del 5% se sigue debiendo durante una incapacidad IMSS, una regla del artículo 29 de la Ley del INFONAVIT desde 1997. Una reforma publicada el 21 de febrero de 2025 agregó que los descuentos por crédito INFONAVIT del trabajador (las amortizaciones hipotecarias retenidas del salario) ya no se suspenden durante ausencias o incapacidades. El Criterio 01/2025 del INFONAVIT añade que el patrón nunca descuenta más que el salario efectivamente pagado y no debe nada por el monto que no pudo descontar.

La reforma de 2025 está en disputa: en la Contradicción de Criterios 120/2025 (4 de noviembre de 2025; jurisprudencia P./J. 6/2025 (12a.)), la Suprema Corte resolvió que los patrones que la impugnan mediante un amparo (un juicio constitucional) pueden obtener la suspensión provisional (una orden temporal que pausa la obligación de descontar) previa garantía del monto. La Corte no se pronunció sobre la constitucionalidad de la reforma, por lo que los descuentos del crédito durante una incapacidad son un punto que debe confirmarse con cada cliente.

Una incapacidad por enfermedad general de 10 días, paso a paso

Tomemos a una trabajadora con un salario de MXN$500 diarios y un SBC de MXN$525. Recibe un certificado de enfermedad general por 10 días, tipo 02.

• Días 1 a 3: sin subsidio y sin salario, MXN$1,500 menos que su pago normal.
• Días 4 a 10: el IMSS paga 7 días × 60% × MXN$525 = 7 × MXN$315 = MXN$2,205.
• Nómina: el patrón no paga salario por los 10 días (normalmente 10 × MXN$500 = MXN$5,000). Su ingreso es de MXN$2,205 en lugar de MXN$5,000, una diferencia de MXN$2,795.
• Complemento opcional: una política que garantice el pago completo pagaría MXN$2,795 por nómina con la clave de percepción 014, y el apartado Incapacidades mostraría el tipo 02 y 10 días.
• Cuotas por los 10 días: Retiro al 2% × MXN$525 × 10 = MXN$105, más INFONAVIT al 5% × MXN$525 × 10 = MXN$262.50, ambas a cargo del patrón.

Resumen

Una incapacidad IMSS suspende la obligación del patrón de pagar el salario, y el IMSS paga en su lugar un subsidio: 60% del último SBC diario desde el día 4 por enfermedad general, 100% durante 84 días por maternidad (se requieren 30 semanas cotizadas) y 100% desde el día 1 por riesgo de trabajo. Por los días del certificado solo se deben Retiro y la aportación del 5% al INFONAVIT. La nómina registra cada certificado por su folio en el SUA y por tipo y días en el CFDI.

Un solo certificado cambia al mismo tiempo el salario, las cuotas y el CFDI, y en una hoja de cálculo manual puede pasarse por alto uno de los tres. Flux está diseñado para aplicar los tres cambios en la misma corrida de nómina.